3, e tutte e tre le volte ha dato la colpa al medico di squadra:
-1969 (24 anni), 16^tappa del Giro, positivo al Reactivan, prese 1 mese di sospensione, poi prosciolto perché ha convinto l'antidoping di essere vittima di "sabotaggio". In quel Giro Merckx racconto' di come Rudy Altig della Salvarani (squadra di Gimondi) si fosse presentato 2 giorni prima del controllo positivo in camera sua "con due valigie di soldi" per comprare la corsa.
-1973, Lombardia, vinto, ma poi squalificato perché positivo all'efedrina. Prese 1 mese ed una multa di 150k lire. Dette la colpa a Mauro Cavalli, medico della Molteni, che gli dette il prodotto perché lui aveva la bronchite.
-1977, freccia vallone, 8°, squalificato perché positivo alla pemolina. Prese 1 mese e 100 franchi di multa. All'epoca le amfetamine del gruppo delle pemoline non erano riscontrabili all'antidoping coi test, ma dalla primavera del '77 un farmacologo belga aveva trovato un modo per trovarle, e l'UCI non avvisò subito i corridori (come per il CERA nel 2008): furono beccati Pollentier, Delisle, Danguillaume, Léman, Maertens e Godefroot (il futuro DS di Ullrich -per 2 volte-), oltre a Merckx. Il quale, sorprendentemente, dette la colpa al medico della sua squadra, il quale ammette un errore. L'anno dopo diventerà medico della nazionale belga.
Merckx, basta leggere le cronache, è sempre stato accanitamente contro i controlli, definendoli "inammissibili per dei professionisti", dicendo che non potevano curarsi se malati, etc.etc..
Ironicamente, il fratello di Merckx, Michel, si era laureato nel '73 in farmacia, con una tesi sui test per rilevare le pemoline.
Godefroot, poi, in un'intervista tv disse: "il 90% del gruppo andava a Stimul" (nome commerciale in belgio della pemolina).